Чтобы удалить защищенный вариант (Protected) надо снять галочку в поле VARID-PROTECTED. Затем можно удалять как обычный в SE38.
Чтобы удалить системный вариант запускаем через SE37 функциональный модуль RS_VARIANT_DELETE с параметром FLAG_DELALLCLIENT = ‘X’.