Методом длительного удовольствия с расчетом заработной платы выяснилось, что:

Система будет делать перерасчет заработной платы с того месяца, в котором есть первый расчет «для периода = рассчитываемый период».

Мой случай. В кластере лежали перерасчеты с 01.2009 по 07.2009. Текущий период 07.2009. СИстема запускает расчет, видит, что я давно делал перерасчет в 07.2009 для 01.2009 (видимо оценку перезапускал или еще что). Берет самый ранний период, то есть 01.2009 и с него поверх колбасит опять перерасчет.

Если удалить все эти перерасчеты, то нормално считает текущий период и все. Либо посчитать его с перерасчетами, закрыть. Следующий (08.2009) будет считаться нормально.